El contador de manzanas en la página de la liga muestra cuántas manzanas ha recolectado mientras formaba parte de ese club durante esa temporada. Es por eso que aparece como 0 justo después de unirse.

(Dejar un club hará que tus Manzanas de la temporada vuelvan a 0, incluso si vuelves a unirte al mismo club más tarde).

Tus manzanas de por vida no se ven afectadas en absoluto. Puede confirmarlo saliendo de la página de la Liga, completando un nivel y comprobando la cantidad que se muestra en el icono de Apple.